次氯酸钠发生器的使用成本与当地的盐价、电价紧密相关，与成品次氯酸钠溶液相比，次氯酸钠发生器制备次氯酸钠溶液的成本明显较高，但是次氯酸钠溶液只在一定时效内具备消毒效果，因此需要综合考量。
次氯酸钠发生器目前已经被广泛用于包括自来水厂、工业循环水、游泳池水、医院污水等各种水体的消毒，特别是次氯酸钠发生器生产的次氯酸钠溶液能应用于工业废水的氧化处理，且处理效果不错。

    次氯酸钠溶液能够破坏氰根离子和苯环等,有效作用于含氰、高氮氨、电镀废水和一些工业重度污染废水的氧化,以及印染制革、纸浆漂白等难以通过生物氧化处理的废水中的各种有害物质。在催化剂的作用下，能迅速破坏几乎所有有机物分子的稳定结构，使之转变为完全无害的无机物或是易于生化的有机物质，同时，高浓度的次氯酸钠溶液还可以剥离设备及管道上附着的沾泥。
    次氯酸钠的投放量需要根据污水中实际的COD含量大小来确定，综合来说，处理污水使用次氯酸钠发生器的性价比是比较高的。